中药高通量转录组研究进展(2)
2中药转录组研究的特色2.1中药转录组分析流程
最早进行转录组研究的青蒿A. annua[3]，采用454 GS FLXTM平台，共获得406 044条序列，平均读长为210个碱基；组装得到42 678条contig和147 699条singleton。可以说，数据拼接是转录组研究中数据分析的第一步。根据测序平台的不同，所采用的数据拼接软件也各不相同。例如，在GS FLXTM平台上，甘草Glycyrrhiza uralensis[11]、丹参Salvia miltiorrhiza[12]和人参Panax ginseng[15]均采用该平台自带的拼接软件GS De Novo Assembler software v2.0.01 (454 Life Sciences， Roche)来完成序列的组装；而在HiSeqTM 2000平台上，首乌Polygonum cuspidatum[16]和红花Carthamus tinctorius[17]采用的软件为SOAPdenovo ......
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